mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGCACTGCCTCTTCCCTGGC CGGGGACGAGGTAGTGCATGG AAGAGGAAGACGGGGACGAGGTAGTGCATGGATGGAACTATTAACAGAAGAATGTTAAGCTGTTTTTGCTCTACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCTGTCTCTC 3 0 3' arm Vitis_vinifera pmrd MIR408 7e-55 vvi-MIR408 4e-56 -51.9 .((((..(((((((((.((((((((((((((.((((.(....(((((............)))))...).)))).)))))))))))))).))))))..)))..)))). (-51.90)