mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATCTCCCTCAAAGGCTTCCAA GGAAGACAGTGGGGGACCTTG GAAGTTGTCAATCTCCCTCAAAGGCTTCCAATTTTCCTGGCTGATTATCAAGGTTGGAAAGTTGGAAGACAGTGGGGGACCTTGGAAGCTTACC 6 0 5' arm Vitis_vinifera pmrd MIR477 4e-31 vvi-MIR477 2e-48 -40.3 .(((((..(((..(((((((....(((((((((((((.(.((........)).).)))))))))))))....)))))))..)))..)))))... (-40.30)