mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAACGAGAGAGAGCACGCT CGTGCTCTCTGTCGCTGTCATA TGTAATTGCTTGACAACGAGAGAGAGCACGCTAGTCTGCATTCATGCGAGGAACATGACTGTGTACAGGCGTGCTCTCTGTCGCTGTCATACAATCTTCTC 2 0 5' arm Vitis_vinifera pmrd MIR535 3e-32 vvi-MIR535c 1e-52 -47.8 ....((((..(((((.(((.((((((((((((.((..(((.(((((.......))))).)))..)).)))))))))))).))).)))))..))))...... (-47.80)