mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTGCTCAAATGAGTATTCCA AGATGCTCATTTGAGGAAGCAA TATAAAGTTTCTTGCTCAAATGAGTATTCCAAACAACAGCTTGTGAAGCAATGATTACTGTCATAGTCTCTGCATGTGGATTGTTGTTGAGATGCTCATTTGAGGAAGCAACCTTAAAAATG 4 0 5' arm Vitis_vinifera pmrd MIR828 8e-55 vvi-MIR828a 5e-65 -42.2 ..(((.(((.(((.(((((((((((((..(((.(((((((((((((..(.(((((....))))).)..)).)))...)).)))))))))..))))))))))))).))).))).)))...... (-42.20)