mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTCGTCTGGCGCGAGA TGTTGAGGGGAATGTCGTCTGGCGCGAGACCGTACCAGACGACGTGCACTCTCGGTCGTCGGACGGTCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAACA 2 2 3' arm Zea_mays pmrd mir-166 3e-44 zma-MIR166i 2e-39 -59.7 .((((.((((((((..(((((((.(((((((((.((.((((((...........)))))))))))))))))).))))))..)))))))).)))). (-59.70)