mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAAGCTGCCAGCATGATCTA GGTCATGCTGCTGCAGCCTCACT GAGTGAAGCTGCCAGCATGATCTAGCTCTGAGTGATCACCCGAAAAAGAACAATAGTTCTAGGTGGTCATGCCTTGCTAGGTCATGCTGCTGCAGCCTCACTT 1 2 5' arm Zea_mays pmrd MIR167_1 8e-36 zma-MIR167d 9e-54 -56.9 ((((((.(((((((((((((((((((.....(((((((((......(((((....))))).))))))))).....))))))))))))))..))))).)))))) (-56.90)