mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGAGACTGCCTATG TAGGCAAGTCATCCTTGGCTATC GCAATAGGGGCCACTCAGGCTAGCCAAGGAGACTGCCTATGAACCTCTCAATGGTCCACACATTCAGGTCCTTTGTAAACAAAGGACATAGGCAAGTCATCCTTGGCTATCAGAGGTAGGCCCTTATT 0 2 5' arm Zea_mays pmrd MIR169_5 2e-30 zma-MIR169d 1e-68 -64.3 ..((((((((((.(((.((.(((((((((((((((((((((.((((...((((.......)))).))))((((((....)))))).))))))).)))).)))))))))))).)))...)))))))))) (-64.30)