mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGGGGCGGAGGGGGGCGGGC TCGTTTTTCTTTGCTTCGCTCT CCTACCTTTGCCCCGGCATTCTCTCTGGCCTGGTTCCTCGGTCGGAGGGTGTTCGTTTTTCTTTGCTTCGCTCTGCACGGGGGGGCGGAGGGGGGCGGGCGCCTTCTGGCTGAGGAGCCAGGTCGGAGAGAAGGCTGGGACAAAGTATG TTATAGCCGGAAGCCACGGCTTTTAGGAATACGCACTCCAAGTTAACTTTACTATAGACTCTATGTTGGATAGCACAATCAATTTTTTCTTTTTCAATTTACTATTCTGTTTCTGCCATCAAGCAGACTTTTGTTTCATTGGTTACTACTCAAGCAAATTCTAATGGTTTTTCCTCTGTTTTTGACTGTTCCCAAACAAGATTTTGACCTCATCCTTCTTTGTTCTTTGCATTCTCTTGATGACTTCTGACATGAGTAGGTTTCCAGATAGTACCTTAGCAGAAAGTTCAGGGGCCCCAAGAAAGTGCTGGTGAAGACCAAAGCCACTCCTCAGGGTTTAACATAGTTATTCCAACTATAATCTCATAGTGACCTTAAAGAATAAGTAAAACTTTTTTCTATCAGTAAAATTACTCTAAATAGCCTTCAGAATTACCTACCTTTGCCCCGGCATTCTCTCTGGCCTGGTTCCTCGGTCGGAGGGTGTTCGTTTTTCTTTGCTTCGCTCTGCACGGGGGGGCGGAGGGGGGCGGGCGCCTTCTGGCTGAGGAGCCAGGTCGGAGAGAAGGCTGGGACAAAGTATGTGACAACAGACTGTGCCCGGAGGTATTCCCAGAATGTGAAATTGGCTATGAAGTTGTTAGTGAATATGTCAATGGAAGCTGCTGTCCTCAATATAAATGTGTGTGTAACAGCAATCTGTGCGTGATGGCATTTCCAACATGTCAAACTGGATATGAAGTTGTGGGTGAATATGTTAAAGGGCAATGCTGTCCTTATTATAAATGTGCGTGCAACATGAAGCTGTGTCCGAACGTTCAGCTAGACTGTATGATTGGCTA 0 1 3' arm Xenopus_tropicalis mirnest 100 100 -98.3 .....(((((.((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((.....)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))).))))).... (-98.3)