mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTG GGCAGTCTCCTTGGCTAGTC GCGATAAGAGTCTGTCCAGATAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGGCTTCTTGGCTTGGCTTGGCTCGGGCAAAACCTTGTGCACGTTTTATTGCTCGCCTCGTGGCCTCGATCACAGGCAGTCTCCTTGGCTAGTCCGGGCGGGCCCCTTAT 0 3 5' arm Zea_mays pmrd MIR169_5 2e-80 zma-MIR169j 3e-82 -72.1 ...(((((.((((((((.((((((((((((.((((.((((((((..((..((((..((..(((..((((((.....((....)).....)))))))))..))))))..))))))))))))))))))))))).))).))))))))..))))) (-72.10)