mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTA GGCAGTCTCCTTGGCTA TAGCCAAGGATGACTTGCCTATGTCCTTTGTTTACAAAGGATCAGAATTGTGGACCTTTGTGTTGGTTCGTAGGCAGTCTCCTTGGCTA 0 2 5' arm Zea_mays pmrd MIR169_2 5e-43 zma-MIR169h 2e-45 -45.5 ((((((((((.((((.(((((((..((.....((((((((.(((......))).))))))))..))..))))))))))))))))))))) (-45.50)