mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTA GGCAGTCTCCTTGGCTA TAGCCAAGGATGACTTGCCTATGTCCTTTGTTTACAAAGGACCTGAATGTGTGGACCATTGAGAGGTTCATAGGCAGTCTCCTTGGCTA 1 2 5' arm Zea_mays pmrd MIR169_2 9e-20 zma-MIR169d 2e-45 -46.2 ((((((((((.((((.((((..((((((((....))))))))........(((((((.......))))))))))))))))))))))))) (-46.20)