mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAGGTTCTTCTCTTTGGCTAC GTAGCCAAGGATGACTTGCCGGCCGACATATGCCTCTCTCGTTCGTCCCTGACCGGCCGGGAAACACATCACGCCGCATGCATGCATGCATGCATATGTGTGTACGTACTACGTGTGCATGCATGCATGTGCTGCCGCGCGCAGCAAACTGCGAGGAATCGTCCGTCCGGCAGGTTCTTCTCTTTGGCTAC 1 3 5' arm Zea_mays pmrd MIR169_2 0.000003 sbi-MIR169j 0.0000002 -95.9 (((((((((((.(((((((((((.(((.....(((((((((..((........))..))))).........(((.(((((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))))))))))))))).))).))).((((....))))))))....))).).))))))))))....))))))))))) (-95.90)