mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAGCTCGATCGTGTGCTAGC CCCGGCAGCTCGATCGTGTGCTAGCTCATCAGCTTACACTTAGCAAGCAAATGAAGCATGCAGTTCTCGCCATGAGTATAAATTATCATCTGAGGCCTTGCATGTGGGGATGAGGCTGTTATGTAGCCAAGGATGACTTGCCGGG 3 3 3' arm Zea_mays pmrd MIR169_2 0.0000001 bdi-MIR169b 0.0000005 -48.31 ((((((((.((.(((.((.(((((((((((.((((.(.....).)))).......((((((((..((((..((((..........)))).))))..).)))))))...))))).))).......)))))..))))).)))))))) (-48.31)