mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGA GGCAAGTCATCATTGGCT CAGCCAAGGATGACTTGCCGACCTATTTTTCTTTTAACATTCCAATGTAAATCCATGGCATATATATATGGTTGTATATCATATTGAAGTCCAGATCTAGAACATTATAATAAATGTTATATAGGGTTTATCGGCAAGTCATCATTGGCT 2 0 5' arm Zea_mays pmrd MIR169_2 0.0005 tcc-MIR169b 0.000002 -47.4 .((((((.(((((((((((((...............((((....))))((((((.(((.((....(((((((.....)))))))....))))).......((((((......)))))).....)))))).))))))))))))).)))))) (-47.40)