mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACTGAGCCGTGCCAATATC TATTGGTGCGGTTCAATCAGA GGGGAATCGAAAACCTACGGGATATTGGTGCGGTTCAATCAGAAAGCTTGCGCTCCAAAGCCCAGGGGCTCCACTCTTTGACTGAGCCGTGCCAATATCACGTCCTCGCTTTGCTTGC 3 0 3' arm Zea_mays pmrd MIR171_1 2e-46 zma-MIR171c 1e-62 -47.3 (((((..((........)).((((((((..(((((((.(((((.((...(.(((((........))))).)..)).))))).)))))))..))))))))...)))))........... (-47.30)