mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGCCGTGCCAATATCACA CGATGTTGGCATGGCTCAATC TTGGTTGTTGGCTGAGAGAGTGCGATGTTGGCATGGCTCAATCAACTCGCCGGCCGCGGGTGGCTTATAGCTTAATTCTGCGCATTCGATCGAGGTGCGGGCGCAGTGTTTAATTGATTGAGCCGTGCCAATATCACAACCTTCTCTAGCCTATA 1 0 3' arm Zea_mays pmrd MIR171_1 8e-71 zma-MIR171f 1e-84 -72.11 .........(((((((((..((.((((((((((((((((((((((((((((.((((((((.(((.....)))....))))))..(((....)))..)).)))).))).......))))))))))))))))))))).))...))))).)))).... (-72.11)