mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAATGTAAAGAAGTATGT ATACTTCTTTATGTACCCATA TTATATCTACCTGTTTGGAGNACATACTTCTTTATGTACCCATATGAACATACNATGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATTTTTATCANGTACTGAAC ACAATGGAATTCTAGCAGTTGNACATGAATAAACCCTCAATGTTATGTGTCGNANGCCTCTACTAGAGGCGATTAGACCTGCTTTTTTTCCCAGTGATTATTTGGCATATGANTTTTCTTTGCANCGNCATCATCANCCNAAGAGCTTATATCTACCTGTTTGGAGNACATACTTCTTTATGTACCCATATGAACATACNATGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATTTTTATCANGTACTGAACACCGGCCAAAGCACATTCTTTGGAGACAAAAGTCGAGAGTGACATNAGTGTGCAATGGGTTTTCCGAGTGACTTTCATTTTTTTTTTTNCCT 1 1 3' arm Xenopus_tropicalis mirnest mir-1 2e-33 xtr-mir-1a-1 1e-37 -26.1 .......(((.((..(((((.((((((((((((((((..(((((..............))))).))))))))))))))))..))))).)).)))...... (-26.1)