mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCTTGATGATGCTGCA CAGCACCACCAAGATTCACA GTGCAGCACCACCAAGATTCACATCCAACTCTCACGCATCTTCAGTGATGCATGCATGCTCTGTGATGTCTCGCAGCAGCTATATGCATATGTGATGAGATGAGAATCTTGATGATGCTGCAT 3 0 3' arm Zea_mays pmrd mir-172 1e-16 zma-MIR172c 1e-65 -53.9 ((((((((.((.((((((((.((((((....(((((((((......))))).((((((((((((((....)))))).)))...)))))...)))))).)))).)))))))).)).)))))))) (-53.90)