mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATCTTGATGATGCTGCAT GTGGCATCATCAAGATTCACA CAGCCAGCCGGTGATTTCTGGAGTGGCATCATCAAGATTCACACACTGCATGCCAACATAATGCGCGTGTTCATGCATCCATCGCCGCCGCTGCATCATGCATCATATATAATATATATATATGTGTATGTGTGGGAATCTTGATGATGCTGCATTGGATATCAAGGGCTATAT 4 0 3' arm Zea_mays pmrd mir-172 3e-49 zma-MIR172e 7e-62 -71.3 .....((((..((((.((..(.(..(((((((((((((((.(((((.(((((........(((((((.((....((.......)).))))).)))))))))..((((((((.....)))))))).....))))).)))))))))))))))..).)..)).))))..)))).... (-71.30)