mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGTGCTCCC GAGCTCTCTTCAGTCCACTC GGTTCATGTTTTCTCTGGAAGAGAGCTCTCTTCAGTCCACTCTGAAATGGCTGTAGGGTTTCATTAGCTGCCGACTCATCCATTCACCTGCCAAGAACCATGGACAGGTCTGGTCTTGGTAGCCGAGTGGGTGGCGCGGGAGCTAAAATCAAGCTCTACGCTGTTTGTGGTTGGACTGAAGGGTGCTCCCTTTTGTTTGCTCAAACGCT 3 0 3' arm Zea_mays pmrd MIR159 3e-77 zma-MIR319a 1e-116 -96.2 ................(((((.((((.((((((((((((..(..(((((((.(((((((((..((((((.(((..((((((((((..(((((((((.(((..((....))))))))))))))..))))))))))..))).))))))....))))))))))))))))..)..)))))))))))).)))).)))))((((....))))... (-96.20)