mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGCATGTGTGTCTAGTTCA AATTGTCTACATGTGCATTAA CTGGATTAAATTGTGCATGTGTGTCTAGTTCAGAGCACACAACCTTCCATTGAAACTGAATTGTCTACATGTGCATTAATATGAATT TTTATCACGTTGTCTATGTATAAAAGCACTGGTAGTGTCTGTCCATTATGGAGATTATATAGGTAACATACCTACAGTAGATAATATGTATAGATAATAAAATACAGGTTTCTTCTGTACCTTTCTAAACCTATAGAAATTGTATACACACAAGATATGTAACAGTTTGTTGTAACTATATGTTGCCTGCCCTGGCTTCACAATGTCTCCCACTTCTCATACAGGTCAGTTTCTGATTACCAGCAGTAATTTGTGCAACGATCCCTGTGTATTCAGAAACTATTATTCAAGTTCAACAGTGAGCTCCATTTACTTTATCCTTCCCACCTACTAATGGAAATGACAGTCCCCTTCCTCTCCACAGTCTGGATTAAATTGTGCATGTGTGTCTAGTTCAGAGCACACAACCTTCCATTGAAACTGAATTGTCTACATGTGCATTAATATGAATTCACCTATATTGCTCTGAACCCTCCATTGACATTTATTGAACATGCGTGAGCACACAGATTTAACATATATACAGCCAAACTAATGCTTTATGACATTTCAAGTTATAAACTTATATCCAGTGAATAAGTTAATAAAAAAATAACACATGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAANANNAAAAAAAAAAAAAAANAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 0 5' arm Xenopus_tropicalis mirnest 100 100 -18.5 .....(((.((((.(((((((((..((((((((..((.............))...))))))))..)))))))))..)))).)))... (-18.5)