mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCAAAGGGATCGCATTGATCT ATCAGTGCAATCCCTTTGGAAT CCAGGAAGCTGGTGGAGGACTCCAAAGGGATCGCATTGATCTATTCTCACCTGCCGCCTGCTGCATGCGATGCGAGTCGACGACAAGATCAGTGCAATCCCTTTGGAATTTTCCACTCGCGCCTTC 1 0 5' arm Zea_mays pmrd 100 zma-MIR393a 2e-67 -59.5 ..(((..((.(((((((((.(((((((((((.((((((((((..((((((.((((((.((...)).)))..))).)).)).))..)))))))))).))))))))))).))))))))).)).))).. (-59.50)