mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCTGATGCCTCCTATTCCTA GGAATAGGAACATGAAGGAAAG GCCAGGAAAAGGATGAAAGATTCTAAGAGCACTAGGAATAGGAACATGAAGGAAAGCATTATTGTGCATGGAGATTTAGGCCTGATGTTTTCCTGATGCCTCCTATTCCTAAGGCTCTTAGGTTCTCCTTCCCTTTCCTTATGGC 2 2 3' arm Zea_mays pmrd MIR2118 4e-48 zma-MIR2118g 1e-78 -63.1 (((((((((.(((....(((..((((((((..(((((((((((.(((..((((((((((((..(.((.(((....))).))))))))))))))).)))..)))))))))))..))))))))..)))...))).)))))...)))) (-63.10)