mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTTATTGTTGTACAGAAAG TATTCTGACAGCTGTAAATACC GTTTTGAAAAGTTTTTATTGTTGTACAGAAAGCATATACATTAATTTACATTGTGTACAGACTCATATTAAGCTTACAGAGGTGCATATTCTGACAGCTGTAAATACCATGCAAAA TTTTTTTTTTTTTTTCAGGTTTTGAAAAGTTTTTATTGTTGTACAGAAAGCATATACATTAATTTACATTGTGTACAGACTCATATTAAGCTTACAGAGGTGCATATTCTGACAGCTGTAAATACCATGCAAAAACAAAAGTCCCCGAGTGTAAATATGCTCTTCTATCAAGTGATAAGGAAGAATGTCTGTTTGTCTGATATTTCATGTTAGATTTTTTTTTAACTATTAAACAATAAACAAACGTATTTAACTAAACAGTATGGTGTCCTATATTCTCTTTAGAAAGAGTGGACATTATTTTACTGGGGTAAGTTTAGGAATATGTCAATGCTGCCAGACTACAGCTTCCACTATGCTTTAACACTTGCTAATACGTTGGAATATTATGCACACTGTAGTCCAGCTACATTTGATTGGAGCACCTCTATTAGGTAAGGCTTATGCCCCCTTTGTATAAGTGTCAATAACAGGTGGAAAGCCCTGCAGAATCTCTGAAGATTTGCAATAAATGATATATAGACTGTTGCTCACCTTGAGGGAACTCCAGGTCCAGAGTCCTTATTCAGCAGCAGAGACTTCCTACCTCTGTCACTGCTATTTATCCTGTAATGCTTCTCCTGTGATTCTGCGTCTTTATCCTGGGTCCCTTGTGCCTACCTCTTTAACTTGCAACTCAACAGAACTGTTTGTTTCTTTATGCAGGAACACTCTGTTACTCTCCTCTGAGGCTCTGCTTATATTCGCCAGAGCTGTGATGC 3 1 5' arm Xenopus_tropicalis mirnest 100 100 -18.7 .(((((....((.(((((.(((((.(((((.((((.....(((((......((.((....)).)).)))))..........))))...)))))))))).))))).))....))))) (-18.7)