mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAAATTGCTTCCCTTTAGAA TTAAAGGGCCCAATTTGGTG TTAAACGTTTTTTTAAAGGGCCCAATTTGGTGACAAAATTTGGTCAAATTGCTTCCCTTTAGAAATTACCGGA GCTTTTTTCGTCTATATAGGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCTTAAACGTTTTTTTAAAGGGCCCAATTTGGTGACAAAATTTGGTCAAATTGCTTCCCTTTAGAAATTACCGGATTTAAAACCCTAATAACTTTAAAACCGCCACAAACAAATGGGTCCACAAACATTTTTTTCCCTCCGAAACCTTTGCGATGCATTGGAATCATTAACCCCCCTTTTACTTTTAAACCCCGATGGCCAATTGATAGAAAGAATTCTGAGACCCATCCCCCCCC 2 1 3' arm Xenopus_tropicalis mirnest 100 100 -18.2 ......((.(((((((((((..((((((((...(((...))).))))))))...)))))))))))..)).... (-18.2)