mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGGGCTGGGAGGGGAGAAG TTTTTTTTTTCACCCCGATC CTGGTTGGGGCTGGGAGGGGAGAAGAGGTACTGTTTGCACCAGGCCCCCTCAGAAGACTTTTTTTTTTTTTTCACCCCGATCA CTGGTTGGGGCTGGGAGGGGAGAAGAGGTACTGTTTGCACCAGGCCCCCTCAGAAGACTTTTTTTTTTTTTTCACCCCGATCAAGTTATGCTTTACAAGTCTCGGGAAAATCATCAAAAGTAATACTGCTAAATCACATGTAATGGGCAATTGTCTCTATCTAAACTTGTATTTTACTGTTGTTTACGGTCTCTGCTGGTTATGTAATGCCGGGTGCAACAAGAACACATTGCAATTGTACTCTGTAGGATATTACAAGTTGTCATTTCCAATATGTTACCTTTACAGTCTGTCAAAATGTACATTACAATAGTGTGTGTAAAGAGCAGTAGAATATTTTAGTTGTTAAGTCCAGCAAATTCTAATGGACTTTTCATAGCATAAAATAATTTTACAACTTGAAGCCTGTTATGCAGATGCAGAACTGTATTTCTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATCGATGTGCCTTACACACCATGAACATTGCTGTTCTTACCATGATGAATGTACAACCAACGTGCCTTCCAATATTCATATATACCCATGTATATATTTTTATTATCTATATTAAAATGAAC 0 1 5' arm Xenopus_tropicalis mirnest 100 100 -29.8 .(((((((((.((((((((((((((((((.(((...((.....)).....)))...))))))))))))))))))))))))))) (-29.8)