mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACTGGGTGCATGATCAATT TAGATCAGGGTGGCCAATGACC GAGTTCTTCTGGTAGATCAGGGTGGCCAATGACCCTATCACTGGGTGCATGATCAATTTAGAACTAG GTTGTTATGTTCAGCTTGCTTTTATTGAGACTGACAATAATCACCATAGGTATGGCATTAAAAACATGTTTTCATTGTAAGGTGTTAACTGTGAGCATGTCTGCCATACTTTTTGCAACTGCAGTTGTTCAAAATGGGAACTGACTAGTGGTGAGCAACATTTTTTGCCAGGTTTCGCTTTGAAAAAACACCCATAAACTCCAGTGTATTGTAAAAAAAAAAAAAAGTTTTGCGGCTTGGAAAAAGGCGATGTGAAATTTATATAGACAATGACATTTATATGTCACTGCTACCTTTGCAAACAATATCACAGTCATAATTACAAAAGCTGACAAAGGTATTGATTTAATATTAACCTAGGAATCATTGTAAATTGTTTTTCATTGCTTTCAAAGCAATTGAAAGAATCAGAGTAACCAACAAGCTGGTTCATATCTGGGGCCGCTAATCAAATGTTCTAAATGTTGAAACTTTGATTTGGAACTACACAAGTTCATGAGTTCTTCTGGTAGATCAGGGTGGCCAATGACCCTATCACTGGGTGCATGATCAATTTAGAACTAGAATATCCTACAAGTGAGCTTCAGAAACTCTGCCTCTCACTGGCTCACATTACTGTGTGTAAGGGTATTTGCTACAGTGCTTATAAAGGATTAATAGTGAGCTAAGGGGGTATAATATGTAGGTAAGTGCCTCAAAATAATACAAGGCAGAACAGGAAAAGCCTTTATTGAAAACAACCGGAAATTGCTCTGAGAAGTCACCAAACCAACATATCCTCCTTAACACAAAACCTTTCAAGGGAGCCAAAACCTGCAATACTATAGTGGATATAAATGTGTATTAATTAATGT 4 1 3' arm Xenopus_tropicalis mirnest 100 bmo-mir-2733a-1 0.0007 -21.5 .((((((...(((.(((((..(((.(((.(((.....))).))).))).))))).))).)))))).. (-21.5)