mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTGTTTCCTACTTTATGGAT CCATAAAGTAGAAAGCACTAC AGTGCAGCCACCCATAAAGTAGAAAGCACTACTAGACAGGACTGAACGCTGTAGTGTTTCCTACTTTATGGATGAGTGTAC GCTGCAGGGCAGGGAGTATTTTAGGATATGCTCACAAAGCAGCAGAGTGCATGATGATATGATTCATGATTGTTCACCTATAACAGCAGTTTCCCTTGTGTATGCTATGCGATGCTGGCATGTGTGAGTATTCTAGGGCTACAGGACCACCATCTGGAGAAACCTGGACATGCAGTGCAGCCACCCATAAAGTAGAAAGCACTACTAGACAGGACTGAACGCTGTAGTGTTTCCTACTTTATGGATGAGTGTACTGGGCGCTACGAGACCTCACAGAAGAAAGACTGCTCGGATTACAGCTTCCCCTTAAACATATAACCACTGTGCTTATTTTTTTATTTCTTACCGTGAACTGAACAGAAAACACTTATCCAATCCATTGCTCAGTATTTGCATTGCATTCTGTACTTTGCTTTGATATATAAATCAGAGTTTTATCCCCTAGATGAAGGTTACAAGTCTGGGATCCATTATTCCAAAACCCATTATCCAGAGAGCTCTGAATTTAGGGATAANACAATAAAACAATACCTTGTTCTTGATCCTAACTAANGTATAATTAATCCTTATTGGAGGCAAAACAATCCAGATTGGAT 2 0 3' arm Xenopus_tropicalis mirnest mir-142 3e-25 xla-mir-142 9e-41 -28.2 .(((((..((.(((((((((((.(((((((((.((.............))))))))))).))))))))))).))..))))) (-28.2)