mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATAAAGTAGAAAGCACTACT TAGTGTTTCCTACTTTATGGA CAGTGCAGCCACCCATAAAGTAGAAAGCACTACTAGACAGGACTGAACGCTGTAGTGTTTCCTACTTTATGGATGAGTGTACT GCTGCAGGGCAGGGAGTATTTTAGGATATGCTCACAAAGCAGCAGAGTGCATGATGATATGATTCATGATTGTTCACCTATAACAGCAGTTTCCCTTGTGTATGCTATGCGATGCTGGCATGTGTGAGTATTCTAGGGCTACAGGACCACCATCTGGAGAAACCTGGACATGCAGTGCAGCCACCCATAAAGTAGAAAGCACTACTAGACAGGACTGAACGCTGTAGTGTTTCCTACTTTATGGATGAGTGTACTGGGCGCTACGAGACCTCACAGAAGAAAGACTGCTCGGATTACAGCTTCCCCTTAAACATATAACCACTGTGCTTATTTTTTTATTTCTTACCGTGAACTGAACAGAAAACACTTATCCAATCCATTGCTCAGTATTTGCATTGCATTCTGTACTTTGCTTTGATATATAAATCAGAGTTTTATCCCCTAGATGAAGGTTACAAGTCTGGGATCCATTATTCCAAAACCCATTATCCAGAGAGCTCTGAATTTAGGGATAANACAATAAAACAATACCTTGTTCTTGATCCTAACTAANGTATAATTAATCCTTATTGGAGGCAAAACAATCCAGATTGGAT 2 0 5' arm Xenopus_tropicalis mirnest mir-142 2e-26 xla-mir-142 6e-42 -30 .((((((..((.(((((((((((.(((((((((.((.............))))))))))).))))))))))).))..)))))) (-30)