mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGCTTGTTTGGTAGCCAAG TGGCTAACTGACAAGCTCTTA AAATTCGAGACGATAGCCTTACATGAAGATAAGAGCTTGTTTGGTAGCCAAGGACGACTTGTCCGCCACCATCTTAGTTAGTTCCAGTATAATATTACTGGGCACCTTCCATTTGGTTTTGGGCAAGCACCTTGGCTAACTGACAAGCTCTTATCAATCATGCTAGGCTCTTTTTCTCTTC GACCCCATTTGAGCATGAACTTGAGAAGAGAGGTCTAACATGAAGATGAAGAGTCTTGTTTGGTTGCCAAGGACGATTTTGCCTGTTCCCACAATGAGGTGCCTAACTTTAGATGAATATACAAGTTAGTTCCCTCGTCGAGGCTCCCAGGCAATCGTCGGCTTGGCTAACATGACAGGCAGCTCTTCATGCTAGACCTTTGTTTTCTTCCTAAAGACGCTGTTCCTTGCATGCTTTCCAGTGTTCTGCAAACCTCTGTAGCACACAGGATAAGGCTTGGCACTGGTTTGATTGACTATAAATTCGAGACGATAGCCTTACATGAAGATAAGAGCTTGTTTGGTAGCCAAGGACGACTTGTCCGCCACCATCTTAGTTAGTTCCAGTATAATATTACTGGGCACCTTCCATTTGGTTTTGGGCAAGCACCTTGGCTAACTGACAAGCTCTTATCAATCATGCTAGGCTCTTTTTCTCTTCTCCAATCCTTATAACTTACCGTTCTGCATGGTAA 3 0 5' arm Populus_tremula mirnest MIR169_5 7e-44 ptc-MIR169af 3e-36 -71.3 ......((((.((.(((((..(((((.((((((((((((((...(((((((((....((((((((..((((...........(((((((......)))))))...........))))..))))))))..)))))))))...))))))))))))))..)))))..)))))..)).))))... (-71.3)