mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGTCTGGTTCAAGG GATATGAAGCTACTTGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTTGCTTTCCGATTTGAGGATGATCCATGCTTGCATGTGTAGTTTTTTTTGTTCCTCAGATCTACAAGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGGAATAGCTTCAAAATAAT CGCCAACACAAGAACACACACACCAAATTCCAAATCTCGGGCAGCTCATTTCGCTCAACCACTCCCCCACCGGCTGCCCCCTCGTCGCAGCTAAGGTTTCACCTCCCGCTCGTCCTCACATCCGTCATGATCGCGATGGACGGCTGCCATGCCATGCCTCCCCGCGTCTCCAGCACCAACCTCCCCGCGTCTCCAGCACCTAGTGGCCACGGCGGTAGGTCCGGCCGTCCGGCTCTCTCTGCTGCCGTGTTCTTTGTCACGATTCATTCCTGCCTTTATGGTTGTTTAATGTCGTCTGTTTTTTTGCCATGTGGTTCTGCCCTGTTGCCATTTGAATGCCTAGTTTTACGTGTCCAGTGTACTTGACATGCGGACTCCAGCCAAAATTGACCCCACATGTCAGTGACTGGATTTGATAAACGAACGCATCGATTGTGCCAGCATCTTTATTTTATTATTATATTATTTTGGTGACTTAAAAATTCAGCAGCAGCAGTAATCATTTCACATATCATGACCTTGCTTGCCGCCTCCTAGACCACGGTACCTATGTTTGTGCGTGCGCGCGTGCGTCTACAAATACATACCCATGCATGCTCCTCACACACCTTGCCAAGAAATAGAGATGAGAGGATGAGAGGGGCTCGATCGGGAGAAAGAAGGGGGAAAGATATGAAGCTACTTGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTTGCTTTCCGATTTGAGGATGATCCATGCTTGCATGTGTAGTTTTTTTTGTTCCTCAGATCTACAAGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGGAATAGCTTCAAAATAATACCGCCGGAGAGTTATTAGGAGGAGCTGCTAGTACTACATAAACTTGTGTTCTTGGTCTTTGATTCTGAAATATTTTCTTGGAGTTTTCGTGAGTTTCCTGGTTGTTCTTGTAGTACAGTGGGGAGTACTACTGTGTTTTCCACTCCTAAAAAAAAAAAAAAAA 4 0 3' arm Zea_mays mirnest mir-166 6e-47 zma-MIR166b 8e-46 -60.3 ....((((((((.....(((((((.((((((..(((((((((.((((((((......((((((((((.((.....(((.((....)))))....))...))))))))))..)))))))).)))))))))..)))))).))))))).))))))))....... (-60.3)