mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGACGACTTGTCCG GGCAAGCACCTTGGCTAAT TTAAATTCGAGACGATAGCCTTACATGAAGATAAGAGCTTGTTGGTAGCCAAGGACGACTTGTCCGCCACCATCTTAGTTGGGTCCAGTATAATATTACTGGGCACCTTCCATTTGGTTTTGGGCAAGCACCTTGGCTAATTGACAAGCTCTTATCAATCATGCTAGGCTCTTTTTCTCTTCT AAGAGTCTTGGTTTGGTAGCGAAGGACGATTTAGCCTGTCCCACAATGAGGTGCCTAACTTTAAATTCGAGACGATAGCCTTACATGAAGATAAGAGCTTGTTGGTAGCCAAGGACGACTTGTCCGCCACCATCTTAGTTGGGTCCAGTATAATATTACTGGGCACCTTCCATTTGGTTTTGGGCAAGCACCTTGGCTAATTGACAAGCTCTTATCAATCATGCTAGGCTCTTTTTCTCTTCTCCAATCCTTATAACTTACCGTTCTGCATGGTAATATAGCAGGTTACATTGTGGTAACACAATCGAGCACTGATCA 2 2 5' arm Populus_tremula mirnest MIR169_5 2e-41 ptc-MIR169af 2e-37 -76.4 ........((((.((.(((((..(((((.(((((((((((((((.(((((((((....((((((((..((((........((((((((((......)))))))).)).......))))..))))))))..)))))))))..)))))))))))))))..)))))..)))))..)).)))).... (-76.4)