mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGAACCTGTCGGGCCTCCA GGGAACCTGTCGGGACTCCAAA GCAGACGCTACCAGAGTCGATTGGGAACCTGTCGGGCCTCCACAGGCTTAACTTGAGATGCTGCTCCAGTCTGCAGACACTCCCAGACTCAGTGGGGAACCTGTCGGGCCTCCAAAGTCTTGACTTGAGCGGGTGCTCCAGTCTGCAGACACTTCCAGACTCATTGGGGAACCTGTCGGGCCTCCAAAGTCTTAACTTGAGCTACTGCTTCTATCTGCAGACACTCCCAGAATCAGTGGGGAACCTGTCGGGACTCCAAAATCTTGACTTGAGGTGGT TGCAGGTGGTTGGGGGTGAAAGTGACTCTGTTGAACGAATATTCAGCAGTGAACAGTTACCGCCGCTTGTATATGTGCACTGGAAGCGCTATCCGAAGTCCTCTTTAGATCCCTGGATTCCATTAAATAATTTAAGTGTGTTACATATAGAGGGGGGTCACCTGGAAACACTCTGGGAACATGAATTTCAGGTAGTCATTTGTTTTCTTAACAGATCTATTTACCTTTTCTAATGGTGTATGAATTGTTGTACTAGCGTGTTGTTATCGTATGACACAATGAGAAAATGCTGTAGAGGCATGTGAACATTGCAGGCACCTCTGCAATTGAGGGAGTTGCATATTCATGCTCCCCGTCTTTCAAACGTTCCAGAGTCCATTGGAAAACTGAAGCACCTTGAAACTCTTCACTTGAAGTGCGATCAGCTGCAGACGCTACCAGAGTCGATTGGGAACCTGTCGGGCCTCCACAGGCTTAACTTGAGATGCTGCTCCAGTCTGCAGACACTCCCAGACTCAGTGGGGAACCTGTCGGGCCTCCAAAGTCTTGACTTGAGCGGGTGCTCCAGTCTGCAGACACTTCCAGACTCATTGGGGAACCTGTCGGGCCTCCAAAGTCTTAACTTGAGCTACTGCTTCTATCTGCAGACACTCCCAGAATCAGTGGGGAACCTGTCGGGACTCCAAAATCTTGACTTGAGGTGGTGCATCAGTCTGCAGACACTCCCAGACTCAGTGGGGAACCTGTCGGGCCTCCGCAGACCATGAGAAACCTGGGGATGTTTAGGCCTGCGAAAGCGAACTATGAGAACGGCAAGAAGAGCGGCTCAATGCACGGAGCGTGTCGTGCAATTAAGATTGTTTTCAAATATTTCATTTATTAATGTTAAGATGGTTCATTTTATGATGC 4 1 5' arm Pinus_taeda mirnest 100 pta-MIR1315 0.000000000000004 -86.7 ......((((((.((((((((((((..((((.((((.((((((.(((((((.(((((((.(((.....((((((((((..((..(((((...(((((..((....))..))))).))))).))...((((....))))..)))))))))).....))).....((((((..((....))..)))))).))))))).)))))))..((.((((................)))).))))))))..)))).))))..)))))....)))))))..)))))) (-86.7)