mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATCTTGATGATGCTGCAT GTGGCATCATCAAGATTCACA CAGCCAGCCGGTGATTTCTGGAGTGGCATCATCAAGATTCACACACTGCATGCCAACATAATGCGCGTGTTCATGCATCCATCGCCGCCGCTGCATCATGCATCATATATAATATATATATATGTGTATGTGTGGGAATCTTGATGATGCTGCATTGGATATCAAGGGCTATAT CTGTGTTCCAAGTTCATCATTCACTCGTCACTAATAGCTTTCTATCTGATCGATTCATCATCATCCGGGCATGCATGAGCATCATCGTCTCCAGATCGTTGGGCTCTCGCAGCTACCTACATTCAACATTCAAGCTCGCTCTACATATGCATGCAAATCTGCAACACTCGCTCTTGGCAGGGATACATTCACGCCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGTGTGTGCTGTAGTCATCAGCCAGCCGGTGATTTCTGGAGTGGCATCATCAAGATTCACACACTGCATGCCAACATAATGCGCGTGTTCATGCATCCATCGCCGCCGCTGCATCATGCATCATATATAATATATATATATGTGTATGTGTGGGAATCTTGATGATGCTGCATTGGATATCAAGGGCTATATATATATATGGATCAAGCATATATATATATATATCAGATCACCAGTCATATCGAGTTCTTCCTTCCAGGCTTGCTAGGTAATTTATAACTTAAACCTTGTTGCTGAACTAACTAATTTTACTTAGCTAGCTAGCTACTACTATACTTCATTGTTAGTAGTAGCTAGCAAGAAGGAAAGTAGGCATCCCGGCCGGTTCGTACCTTCTTTTTTTTTGCACAGCAGGATCTGACCTTCTGTATAAAATGCATTTTTGCCTTGAGTTTTTTTGTTTTTCCACAG 2 0 3' arm Zea_mays mirnest mir-172 3e-49 zma-MIR172e 7e-62 -64.7 .....((((..((((.(((((.((((((((((((((((((.(((((.((((((((......)).))))))..(((((..............))))).(((((.((((((((.....)))))))))))))))))).)))))))))))))))))).))))).))))..)))).... (-64.7)