mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACAAGTTAGGGTCTCAGGGA CCAAGAGCCTAACTTGTGATT CTCCGCCTAGGTCCCAAGAGCCTAACTTGTGATTGTTGCTAAAAAATCCTCACAAGTTAGGGTCTCAGGGACTAGGAAAAG TTTTTTTTTTTTTTTGCAGTATACAAAAAGGAACATTTTTATTCAGTGCAAAATAATATAACCGACATTTATTGCAGTTTAATCTACAGAAGTAACAATCGATTGAAAGATTTTTGAATAACTTTAATTGCTCGTTCCAAAAACTGTAAAAGAAAAGCATAAGCAGCAATATAATTCACTCTCGCAGACAACAGACAGACCAAAAAATGATTCCACCTGCCATTGTTTTGCAAGCTACCTTTAAAATATCTGAATCTTTTGTAAGGCATCTATGGCAGTGCATTGTTTTGGAAGCACAGACAATACAGCTTTTATACAGAGATATATATACCAAGGTCGTTGAATTCTTCTTTTTTTTTTTATTTTGCAGTGAGAACACATTTAACAGCTTGTTGTAAAATAACCAGAGACCTTTGGGATCAAGAAGAGTTTTGTTTTTATCTCAGACAATAGTTACAGGGATGTATTCTGTACAAATCGCAGACACACAAGCAATACAGTCCACAAGCTGCTGTTTCCCCTCCGCCTAGGTCCCAAGAGCCTAACTTGTGATTGTTGCTAAAAAATCCTCACAAGTTAGGGTCTCAGGGACTAGGAAAAGTCCAACTTCGGTCTGTGGGTTTCTTCCTCCATAGATGTGGACACTGCAAACACTCGCAATTACACGAATGCAGGGCATTCAAAATATAGACATTTAAATCATGGCTAGAGATAAGCATTACACAGAAAGCTCGGAAAGTATTCAGAAATTTTGGGCATATAAGTTCCGTAATATTGCAACTGAGTGCCAGTCGTTGCACCATTGTATTTTTTTGTATGCAAATGGGTTCCCTGTAGCTAACATGGGCCCAGGGTTGCACAGTGCTGTAAGCATTGCTACTCC 2 1 3' arm Xenopus_tropicalis mirnest lin-4 1e-24 xtr-mir-125b-2 9e-41 -30.4 .....(((((.((((.(((.((((((((((((..(((.......)))..)))))))))))).)))..)))))))))..... (-30.4)