mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAAGACTAGTGATTTTGTT CAAATCGCAGTCTGCCATA TTAGTTCTGTGTGGAAGACTAGTGATTTTGTTGTTTTTAGATAACAACATTGACAACAAATCGCAGTCTGCCATATGGCACAG AGGTGGTCAAAGAATCAAACAGATCCGCCACGAATCTGGTGCATCCATCAAAATTGATGAGCCATTGGAAGGATCAGATGACAGAATAATAACCATCACTGGCACTCAAGATCAGATTCAGAATGCACAATTTTTGCTTCAGAACAGGCAAGTAGAAAGCCTCAACTTTATACATATTTAAAATTAAGCATCTTTTTGTGTTTTCCTAATGACTGTCCTGTTTTTTCTGTCTTAATGTTTCCGTTTTTAGATATTCTCTTGTTTTTCTTCCCTTTGTGTTTCTTACTAAACCAGAAGATCCACTTTTATACTAATTCTGCTTGAAGGAAAATAACATCTTGGTTCTTTCTATTGTGAAACAGCTGCAAAAGTATAGTAAACATTACTGAGCCTGTAGATCTTAAATATAACTAGAAGAAGTCAGTGGATGTTGGTTTAGTTCTGTGTGGAAGACTAGTGATTTTGTTGTTTTTAGATAACAACATTGACAACAAATCGCAGTCTGCCATATGGCACAGACCATGCCTCTACAGGACAAGTTGAAATGGGTATTGAATTTGTACCATAATGCAGCGTTTTCACACTTCCTACCCATTTTCTAACCACTTTTAACTTTTCTTAAACTGCTTAACCTTATGCATGTTAATTTCTTTTCACATTGTACTAATAACTAAACCTAATCTGCTAGTTCTTT 1 2 5' arm Xenopus_tropicalis mirnest mir-7 1e-30 xtr-mir-7-1 6e-42 -27 ...((.((((((((.(((((.(((((((.((((((................)))))))))))))))))).)))))))).)).. (-27)