mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCAAACTCGAAGGAGTTTCA AAACTCATTCGATTTTGATCA TCTTTCAATGAATTTAGTATGCCCAAACTCGAAGGAGTTTCACCTCCATAAGAGCGACAGTCCTGGAGAAGTTATCAGAGCCAAAAAAATTCATATGATGATGCATTTTCCGTCTCTGAAAACGTCTTCAGCAGAAGTTGATTTTAGCGAAGTGAAACTCATTCGATTTTGATCATACTAACGACATTGGATG AATATTCGTTGAAAATAAATAGATTCTAGTTCATTTGGTTATTGTGGAGCAAACATATGCAACGCAGTGAAGATGTTATCACAGGATGGTATTTCCGAGCCAATGGATCTTTAAGCTAGATGGCATCTTCAGCAATTTTCACCGAGCAGCTTTGGACAATTAATATGTAGTTTATGGATGCTCTTTCAATGAATTTAGTATGCCCAAACTCGAAGGAGTTTCACCTCCATAAGAGCGACAGTCCTGGAGAAGTTATCAGAGCCAAAAAAATTCATATGATGATGCATTTTCCGTCTCTGAAAACGTCTTCAGCAGAAGTTGATTTTAGCGAAGTGAAACTCATTCGATTTTGATCATACTAACGACATTGGATGCTTGGATCGGCAGTTTGGTGGAATATTCATACCAATACCCTAAGACTGATGACGTACCTGCTAATGAAGATGATGGAGATATACTTGCATGCCAATTCAATAAGTTATAAGCACCCAATATAATAAAATTCAAATATTTATATTAAATACAAAAAAAAAAAA 4 0 5' arm Drosophila_melanogaster mirnest 100 dme-mir-997 3e-92 -61.7 ...(((((((...((((((((..((((.(((((.(((((((((.((..(((((.((((..(((((((((.(((.((((((.....(((((.(((......))).)))))....)))))).))).)))))))..)).)))).)))))..)).))))))))).))))).))))..))))))))...))))))).. (-61.7)