mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATTGCACTGTAGCAATGGTGA ACTGTTGCCTATGTGCAAACTCT CATGTAATAGGACTGCGCTGTAGGTGTGCAGTTACTGTTGCCTATGTGCAAACTCTGTGCTATATTGTCTAGAATTGCACTGTAGCAATGGTGACTGCCTGCAGAGTGCCAGCTATACAAACTC CTTGTTCCAGCTATTAAGCTATATTTCTGATCCGGCATATCTGATGGACAACATGTAATAGGACTGCGCTGTAGGTGTGCAGTTACTGTTGCCTATGTGCAAACTCTGTGCTATATTGTCTAGAATTGCACTGTAGCAATGGTGACTGCCTGCAGAGTGCCAGCTATACAAACTCACTTTCTACCAGTGGATGTTAAGTTCATCTGTATACCAACATACAAATGACTGTTTTGTATCTTTAAAAATACATACTTAAATATATCTTAACATATAAGTTTTTAGAAAAAATAAGTATTTTTAAAAAAAAAAAAAAAATCTTAAACACTATTTTTATATGCATAAATACCAAAAATGTAAAAAAAAAAAAAAAAGTAGCAACCTTTTTATTTTTCTTATAATTAATTAGCAGGTGGTGTTATCTGGTTGAAAAAGGTAGTTATCTCCCTGTCTGTCTATCTACATGGATGGTAATTAACATTTAGGGTACTGGTAAATGGAGAGATTAGTCACCCGCGATAAATCTTCAATACTGCCCAAAATGTTTTCCCACTGGCAATAATGTAAAATTGCCTGCAAAAAGACTAAGCAGCACTTCGTTTATT 5 1 3' arm Xenopus_tropicalis mirnest 100 xtr-mir-367 8e-30 -40.3 ..((((...((.(((((((....(((.((((((((((((((....((((((..((((.((......)).)))).))))))....)))))))))))))).)))..)))).))))).))))..... (-40.3)