mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCACAGTGGCTAAGTTCTGC AGAGCTTAGCTGATTGGTGAACA GCTGACCTTTCTACCAAGGTGCAGAGCTTAGCTGATTGGTGAACAGTGATTGATTCCCTCTTTGTTCACAGTGGCTAAGTTCTGCACCTGAAGAGAGGGCGAGG TAGCTGTTTTTCCCGAAAGCACACAGATCTGAAAAGGCGTATCCAGGAAGCAAGAGGAGCCGCACAAATTCTCCCATGGAACGTGATCCAGCACTTAACAAGGCTCAGACGCTGACCTTTCTACCAAGGTGCAGAGCTTAGCTGATTGGTGAACAGTGATTGATTCCCTCTTTGTTCACAGTGGCTAAGTTCTGCACCTGAAGAGAGGGCGAGGGGAAGCAAAGGGACAACCTGCTGAGGCCCATGCTACGGTGCTTGGCTTGTTCTCATCCCAGCAGTTATCATGTGCCTCTAATAGAATTTATTTAGAATGTTCTTCCAAAAGGAACTGAATAAACACTTAAGTGATTTTACCTCAAATAAATAAATTAATAAATGAAGGATCCTTTAAAGCTCTGCAACCTTGTCAGATTTAATGGTAACTGACATGTAAGAAATGATTGCAATAAAGCAAAACCATTCTGGTCCATGGGGGAACTTCAGTAACATATATATATATATATATATATATATATATATAATAAATATATATATATATATATATATATATAATAAATATATATATATATATACAATACATTATATATATATGTTGATGTATTTGTTTTTTAAGCATGTATTTTGCGTATGTATATAGAGAAACACAACTTTCTAATAGGTTCTCAGATTGGTACGTTATTCAATATGGCTGGACCTGCAGCTGTTCTACACCTACGATGGACCTGTCCTCTTGTGCCTACTGAACTGATATCAGTTCTATTTCACACACTGGCTCAGTTCAGCAGGAACAGGAGTCGGGCCCTTGAGCAAAGCGCAACTTTCCCAGAATACACAGAAGTACCCACCAAGGGGCACAGTACTGCGTGAATATTTGTCTTCAGGGCTGTTTAGCATTAGCCATCGGAATGAGAATGCTGCGGTGCCGTCACTGAAAGTACAGGCCAGCAATTACAGTTGTTAAATGGAACTTTTATTTTTACATCCATGAAGTAAATGTTTCTGCATGAAGTGTTTGAATAGCACAATANACATAATGATGTAAATGCCTGTAATTTCACATGTGTTTTTTGTGCA 2 2 3' arm Xenopus_tropicalis mirnest mir-27 2e-30 xtr-mir-27b 1e-49 -47.8 .....(((((((....((((((((((((((((((....((((((((.((.........)).))))))))..))))))))))))))))))..)))))))...... (-47.8)