mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTTGTGTGTGTATGTGTGTG CCATGTATCAGCCAAGCCC TTAACGCAGGTGACCATGTATCAGCCAAGCCCTTAATCATTGCAGTCTCTGGTGTTGTGTTATTTTGTTTTATTTTGCCATTGGGTTTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTG TATTCTCCTATATTGGTTGTACAAGACCATATCCTGCTGTCAAGACCCGTCCATGGGAGACTTGTTGATGTTTGCACATTTTTTTGCTGGGATTTGTCTGAAGCAGCAGTATCTGTAAGAAGACTGGCAGATTACTGACTTTATTCTATGTATTGTCTCCATTCGCCAAAAAGCCTACTAACGTGTGGTCACGGATGTACATGTTGCTGCAATGTGGGCTATTCAGTACCCAAAGAACGCTGTCTCTGGACGTTGCTCCACTCCTAGGACCATCAATGCATCCCTCTAACATGGAACAAGTGCAATTTAAGCAACCCCCAGATCTTTTTATGTATCCAAGAACTTTCTTTTTCTATCTTCAAATCACAGACTGCTGCTTTAAATATTATCTATCAAATCAAACCCAAGCCGGTGCAAGAGGCGGTGAGAGCAGGTTTGTAGAATAGATGAACAAAAACCGCTTTGTACAAAATGAATCTGACAAGAGGAAACCAGGATTATTGCATCCACTTGGGCCTTCTGGGTGTTTTGCCCCCAAACACAAGTCCTGGGTGGTGTACAGTATGTAAATGTGTGTGTGTGTTAGTTGTTCTGTGGTTTCCTTTTTTTATTATTGTATTTGTTCTCCACTAAAATAGCCTAGAGTTTAACGCAGGTGACCATGTATCAGCCAAGCCCTTAATCATTGCAGTCTCTGGTGTTGTGTTATTTTGTTTTATTTTGCCATTGGGTTTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGCTGAACCAAAAAAAGCAAAAGGGTTGGAAATGCACAGGGAGCTTCACTGCTCACTTGTACCTTGCCATTGGCTAGGCACATACTAAAACTGAGCCCTGTCCGTGGCATCCTCGCTTTCTGCCTGCATGTAATGNGCATGGCCACACTGGTAACGTTCATTAGCTGTTGGCAGGGTGAGTGCACTAGATTATTTTCACTCTATTTTAGTTGTAGAAAAAAAACTCCCCAGTGAAANATACACTTCCTAAATAGGTAATTGGTATTTATCCCATATTCTGCCATGTTTACATAGTAAATTTGCTGACCCT 3 2 3' arm Xenopus_tropicalis mirnest tRNA 0.0004 100 -20.5 ...(((((.(((..(((((((..(((((((((.................(((((..(((.(.....)...)))..)))))..))))))).))..)))))))..))).)))))... (-20.5)