mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGCCAAGGATGAATTGCCCA GGCCTCCATCTTTGCTC CGAAAGTAACAAAGCCAAGGATGAATTGCCCAGACCAGTGACTCCATCGATCTTGTTCCTATCGACTTCTCACCGGACAACCAGGAGCAGGACTCCATTGCCCATAAGTCCCACCGCCACCACCTTGCATGGCTCCACCCATGTGGGGAGACATGCCTGAGAACCTGTGCTCCGGCTGCCTGAAAAGGACATCACTGTTAGAGACACTGGTGACATCAGAGCTGGATGTAGTTGAAGCAACAAATTTGCCAGTATCAGACTGATGGACTTCATACTCAGTTGTGTCTCCCTTCTGGTGAAAATGACCAGAGCCAGATACACTATGACAGCCAGCATTGGAAGTTGAGTCCGGTTCTTGGAGCTTTTTCGTGCTGAGGAAGCGTCCACCAGATCCTCTAACCCTATTTAGGGCATGAAGATGCCGAGACTCGTGCAATATGGCTTTCGGGCTTTGACAAGTTTGTTCTGGGCCTCCATCTTTGCTC TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAGAAACAAAACAATGGTTCACAAACAGAGAGTTTCAAGCATAGCCTCTTCTCAACCATGTTTACAGAGCCAGAATGTATGCAGTTGGAAATGGGAAAGGCAGAGTATTTCTACTACACCATGAAGTTTGATGTGTTTATCTTCTTAACACGCATGAAACGAAAGTAACAAAGCCAAGGATGAATTGCCCAGACCAGTGACTCCATCGATCTTGTTCCTATCGACTTCTCACCGGACAACCAGGAGCAGGACTCCATTGCCCATAAGTCCCACCGCCACCACCTTGCATGGCTCCACCCATGTGGGGAGACATGCCTGAGAACCTGTGCTCCGGCTGCCTGAAAAGGACATCACTGTTAGAGACACTGGTGACATCAGAGCTGGATGTAGTTGAAGCAACAAATTTGCCAGTATCAGACTGATGGACTTCATACTCAGTTGTGTCTCCCTTCTGGTGAAAATGACCAGAGCCAGATACACTATGACAGCCAGCATTGGAAGTTGAGTCCGGTTCTTGGAGCTTTTTCGTGCTGAGGAAGCGTCCACCAGATCCTCTAACCCTATTTAGGGCATGAAGATGCCGAGACTCGTGCAATATGGCTTTCGGGCTTTGACAAGTTTGTTCTGGGCCTCCATCTTTGCTC 4 2 5' arm Vitis_vinifera mirnest MIR169_2 0.0005 vvi-MIR169v 0.00003 -137 ............(((.(((((((....(((((((.((((((.(((((((.(((.((..((.((((((...((((((......(((.((.(((((............)))))....)).....))).(((((.((((((....))))))...)))))((((..(((.((((((.(((..(((....)))........))).))).))).)))....))))..)))).)).)))))).((((.....)))).)).)).))).)))))))..))))....(((.((((((...(((((((.......)))))))..))))))))).(((.(((((..((((.....(((((((((((((((((((((((((.....)))))))).))))..)))((.((...((((....))))...)).)).)))).))))))..)))).))))).))).((((....)))).)).)))))))...)))))))))). (-137)