mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGCTGCACCCTTCTCGTTA GCGTGGAGGGTGTAGCCGTGG TCACTACTCTGGAACTGTTTGCCCTGAGTTTAAGCGTGGAGGGTGTAGCCGTGGAGAGAATTGTGAGTTTTCTCATGGTGTTTTTGAGTGTTGGCTGCACCCTTCTCGTTATCGAACCGAGGCTTGCAAAGATGGCAAGAA GGTTCCCCTTCCTCCTCTCTTACTTTCATCACCCTCTTCGATAGATCACTAACTAGTAACTATTATACCCTTTAGCTTATACTTAGCCACGAGATGAGCACCATTTGTGCCGAGCAACACAAGCCCTACACTCCTCACCAACTTCTTTCTCCCAAGAGACCCTTCAGAGATCTTGAGATTCTACCAGGAAAACTCCTTACAAAGAAAACCCATCAAGAAACCCTAGACATGTCTCCATATGAGACTAATCTTCAGAGATTCCTTCCTTATAATGACTACAGCAATGAGAAGGTTCTTGATGGTGAGCTAGATCCGTACTCTTCTGACCATTTCCGCATGTATGAGTTCAAAGTTCGTCGCTGCACGCGCAGCCGTAGCCATGACTGGACCGACTGCCCCTTTGCTCATCCTGGCGAAAAGGCTCGTAGGAGAGACCCTCGTAGGTTTCACTACTCTGGAACTGTTTGCCCTGAGTTTAAGCGTGGAGGGTGTAGCCGTGGAGAGAATTGTGAGTTTTCTCATGGTGTTTTTGAGTGTTGGCTGCACCCTTCTCGTTATCGAACCGAGGCTTGCAAAGATGGCAAGAATTGTAAGCGAAAGGTTTGTTTCTTCGCTCACTCCCCTCGCCAACTTCGCATTTTGCCTGAGGTTTCTTCACGCAATAAGAGCTTGGCTTCACCATGTTCATCTCTCAATCATAGTCATTGTTGTGTTGTTTGCCATTCTATGACTTCCTCTCCGACCTCTACTCTCCTTGGTATGTCCCACATGTCACCGCCATTGTCACCATCATTATCACCACCTCTATCACCGGTGAAACACCAATCCTTATCCGGGTTTTCGCCAATCTCCCGATATAATGAAACGCTGAGCAAGTTTAGGGCTGGAGTTGTGAGTTACAAAGATGTGCTCAGTGAGCTAATGAGTTCTTTAGAAGCCATGAATTTCAACGAAGGAGCGAGTGTTTCTTCACCTATGTCCTTATCTACTAATCACAACAGGAATGTCAACAGCACCACTCCATGGAATATTGATGTCTCTTTCAGTGGAGAAGATCAGCCACAATTCATTCTTTCACCTTCAACTCCAACCCCTTCATCAAAATTTTTCAATGGAGATTGTTCAAGCAATAAGGGCCTGTTCGTTGATGACAAGATTAATGATCATAATAATATTGGTGATGGTGGTTTTGGCTTGTACTTCTGATCCTGACCTTGGATGGGTTAATGAGCTCTTAATGTAGAGCAGATGGAGCTGATGATGATGGGAAT 3 0 3' arm Populus_trichocarpa mirnest 100 100 -45.6 .....((((.((.........))..))))...((((.((((((((((((((..(((((.((((((((....)))))))).)))))......)))))))))))))).)))).(((...)))..(((((.......))))).. (-45.6)