mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCCGGCGGGAGCCCCGGGGAG CCCCGGGGCTCCCGCCGGCTT GGCCCTGCCCTTCACAAAGAAAAGAGAACTCTCCCCGGGGCTCCCGCCGGCTTCTCCGGGATCGGTCGCGTTGCCGCACTGGACGCCCCCGCCCCCCCCACCGGGGAGGTGGGGGGGGCGGGGGCGTCCAGTGCGGCAACGCGACCGATCCCGGAGAAGCCGGCGGGAGCCCCGGGGAGAGTTCTCCTTTCTTTTACCAGTTCTCCAC CTCGGGGCGACCCATTCCAGGGCGGCCCTGCCCTTCACAAAGAAAAGAGAACTCTCCCCGGGGCTCCCGCCGGCTTCTCCGGGATCGGTCGCGTTGCCGCACTGGACGCCCCCGCCCCCCCCACCGGGGAGGTGGGGGGGGCGGGGGCGTCCAGTGCGGCAACGCGACCGATCCCGGAGAAGCCGGCGGGAGCCCCGGGGAGAGTTCTCCTTTCTTTTACCAGTTCTCCACACCCATAAGATCCTCTCTCTACCAAATCTTCCAACCATTACCCTCCAATATATAATAAACCATATCCTCATTTATCCTATTCCCTTAATACCCCCTACTGAAAATCCCACCAATATCATCCCACCTCTCCCATTCCTATCAATTACTACTCTACACTTTCATCACTACCTATAACAACTTCATCCCCACTAATCCATTAACCTCTCCTCCTCCTTACTAATTTAACTCCCCCAACTATACAATCCTCTATCCATTCACCCTACCCCTTCTAATACTCACATATATTGCTAAACCCTTTTATCTTCACTCAAAAATACCCCTCTACCCTACCACACTCAATCAATTTTCTCCTTATCTCTTCTCCTCCCTCTCCTAATCACTCCCATATCTTCCTTCCACTCCTTAACCTAACATCTAACAACTTAAAATTCCCCCTTTATTCACAATTAATCTTTTCTATTACCCCAATTATAAACAATCATTTTTACTTCTCATATAACCTCCAATCTTACA 0 0 3' arm Xenopus_tropicalis mirnest 100 bta-mir-2889 0.0007 -196.9 (((...)))......(((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))).............. (-196.9)