mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGCTCATCTGGTATAAAAAA TTTTACACCAGATAGGCTGCT CATAATGTAAAAAATGTTTGGGGGCTCATCTGGTATAAAAAATACACAACGCCTTTTATACACTACAAAAAAACGCTTATTCACTAAGTTTTTTACACCAGATAGGCTGCTAAATAAAAACCAAGAATA GGTCATAAATTGAGATTTTATTTTAACAACAATCAACAGGTATATACAAATATGGTTAGTTGGTAGTAAACAATGGAAATACAAATATAAGAGTTTGCATGCATCTGAAAAAAATGAAGAAAACTCTGGTATTTCTGCTACCAGGCATAATGTAAAAAATGTTTGGGGGCTCATCTGGTATAAAAAATACACAACGCCTTTTATACACTACAAAAAAACGCTTATTCACTAAGTTTTTTACACCAGATAGGCTGCTAAATAAAAACCAAGAATATTAAAAAAAAAACACTTCAAAACTTGTATAGGGGTAAAAAAATATGCAAAAATGTTGGCAACCTGATTTGAACATAAAAGTTTAAAAGATTAACTCTATACCGGTAAAAATCTATAGGGAGTTTGGGGTAAAAATACAAATATTAGTAAAAAGGTACTTCTGCAGAGGTAATTACAACAT 3 0 5' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 100 -25.7 ..............(((((((.((((.(((((((.((((((((.......((.((((............)))).))...........)))))))).))))))).)))).)))))))............. (-25.7)