mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGCCTCATCTGGTATAAACTT GGTTTTATACCAGATGAGTCGAA TTACAACGCATTATAAAATCTAATAGTTTTTCGCCTCATCTGGTATAAACTTTAATTTACACTTATTTCAGTGATATCACATGTTTAGTGTTGTTGTGTCAAACCTTGATGAAACCTTGCCGAATAGCAGACACAACATTGGAATAAAATTAATGGTTTTATACCAGATGAGTCGAAAAAGGTTATTTTATATTTTGCCTGTTAG ATCCTCACATTTATTGCAAACACAAAACATAATCACTTAACACTGAATTAATTTGCAAGCATTATAGTTCTTCCTGTAATGTAAAGACCACTTGATGAAAAATACAGTTATCAATTTACAGTGTTGCCATGTTTAGTGTAAAGCATGAGCGGTGTAATGTTATTAAATGAAAAGTGAAACACTGCAAATAATCTATTCACATGGTGGTATATTGTTTGCTCTTTATCCAAATATTTGGTATGCTGTTTGTGCTTTAACAAAACCTCTTTTTATATATTGCAATTTACAAAACAATCTTTCAATACAAACAATCTCAATTAATATAAGGCAGATAAAAACTAAAAATAATTGGTTACTTTCCACCAAGTTACAAAACATATGCTTGGTCTCATACTATAGTAGTAACTTATAATTACAACGCATTATAAAATCTAATAGTTTTTCGCCTCATCTGGTATAAACTTTAATTTACACTTATTTCAGTGATATCACATGTTTAGTGTTGTTGTGTCAAACCTTGATGAAACCTTGCCGAATAGCAGACACAACATTGGAATAAAATTAATGGTTTTATACCAGATGAGTCGAAAAAGGTTATTTTATATTTTGCCTGTTAGCAGAAGTAACAGAAAATCATATTATATACAAACACTCACAATTTAGAGTATTACGCAATC 1 2 5' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 100 -50.9 ..(((..(((.(((((((..((((..(((((((.((((((((((((((((((((((((.....((((((((((...((...(((((.(((..(((.((((((...)))))).)))..))).)))))...)).....))))))))))))))))).)).))))))))))))))).))))))).)))))))))))...))).)))... (-50.9)