mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTGTTGTTTATTGTTTTG AAGCAATAAACCACAAGAA ACTTCTTTATCTTTGTGTTGTTTATTGTTTTGCTGTCTTAAGCAATAAACCACAAGAATGATGATC TCCATAAATAAATACAACATCAAAATAGGAATACAACAGGTTTGATACATAAGGAAAAACTCAAGACTTTAATATTGAATATATACATAAAATTGATATAAAAAAAAATTATGTAAATACTTATGATTTCTTAAATCCTATTTTTTATTGTTGAAACTGACAACCAACAGAACTATAAACCTAACCGTTGAGATAAATGATTTAATGTGCACACAAACACTATGAAATGTGAAATGGCTAAGAATTTTTTAATAAAGAACGACCTAGCTCTTATGGTTTAAAACTTTCAGTACAGACTGTCAAGCCACATGTTCATATCGGCTTTCATTTTGTTGATTTCGCGACATATTTTCATATTTCCTTCCAATAAAGGTTTCGTATCCTTCGTTTGGTGTTGTTACAACGCTTGGCCCCACACTTTGTAAATCAACATAACCTTGTTCATCTCTTGTTACATTGACATTGTCCTTTAGGTTTTCATAATTTGTTGATTGTGTTGCAGGAATGTCATTAGTTACTTGTTCGTTTTGATATGGTGATCGATCAGCTATTTCATAGTAACCATGCTCTGCTTCCATTCCAATGTTGCTTCTTCCTGTAACTTCTTTATCTTTGTGTTGTTTATTGTTTTGCTGTCTTAAGCAATAAACCACAAGAATGATGATCAATATAAAAGCCACCACCCCACCAACTGCAGCTCCGATTATAACACCCAAGTTATCTGGTTGTGGG 2 2 5' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 100 -15.7 ...((.((((.((((((..(((((((((((.........))))))))))))))))).)))).)).. (-15.7)