mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGGCAAGATGGGACATTTCT CGATATCCCATCTTACCCCA ATCTAAATGTATAGTAGGGTGGGGGCAAGATGGGACATTTCTCTGCCCATTTAATAGTAAACAAAGAAAGTTTAGAGAATGAGATAACCACATTCTTACGACTCCAAACAATCTTTCATATTGTTTAAAACACGATTAGAAAATATGGGATTTAGGTGCTAACGATATCCCATCTTACCCCACAGTACTTTTTAACGCAT GTCTATATTAATATGTTACTGTTTTTATGCTAAATGAATGAATTAATATAAACGATGCAACATATTTATCCTCACATATGGGTGGAAACGACAGTCGTTATAACACGAGTGTACTGTTTCATACAACTCGTACCAGCTTACAAGTCACCACGTAACTTTGTGTGTCGATATTTTTGCTGCTGTGTGTTACTAAAGTTCGATCCAGACTAAATAGAATATATTTATAATATGGCCATTTCACTGTTTTCTATAATATCATTTTTAAGCGCATTTTTGTTTACAAAAATATTTTTTTGAGTAAATTTACCGTCTTTAGTTTTTTCTGAATTAACTGTACATGATGTTCTTTAGGCTGGGCAGAATTTTTGTACGTATGCAAGGGGGTAGGGTTGTGGTTTGTGTATAGATCCAACTCGTTATCCTGTTGCCTAAAGAAGAGCATTTAAGTCGTATCTAAATGTATAGTAGGGTGGGGGCAAGATGGGACATTTCTCTGCCCATTTAATAGTAAACAAAGAAAGTTTAGAGAATGAGATAACCACATTCTTACGACTCCAAACAATCTTTCATATTGTTTAAAACACGATTAGAAAATATGGGATTTAGGTGCTAACGATATCCCATCTTACCCCACAGTACTTTTTAACGCATTCTCTGATGAAGTCTTGGCAG 5 1 5' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 100 -43 ...((((.....((((..((((((..(((((((((.(((.....((((.((((((..(((((((.((((((((.(((..(((((.........)))))...))).))))....))))...))))))).......))))))((((.....)))).)).))....))).))))))))).))))))..)))).))))...... (-43)