mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGGCAAGATGGGACATTTGG AGGTGTTCATCTTCCCCCA ATAGTAGGGTGGGGGCAAGATGGGACATTTGGTAGTAAACAAGAACATTAAGAGAATTATAAAACCTTATTCTCATGACTCCCATGGACCTTTGTTAATTGAAAACACAATTAGGATATTTAGAATCTTAGATATTAAGGGCTAAAGGTGTTCATCTTCCCCCACACTATTA GCGAATATGAAATTTATTTGACATTAACCAACGGTACACATTAACCCACCGATTTTCGATAGTAAATTTTGTACAACCAATTCATGAATAGAAAATGGCGAAAGAAAATACAGAAGTCATTATTGAGATATTTCAAGAAAATACAAAGTGTCCAGCAGCCTATTATGCGAGGAATGCAAAGACTGCAGAAATAACAAATGCTACTGAAAGTGAAACTGCGTTAAAGGATTCTCCACCATTAAAGAAGGTCAAGTCAAAGGAAACAACTATAGTTAACAAGGTTGGTTTTAATTTTGCTTGTTTGCAAGATGAATGTAAATTCTGAAATGCAAACTAATCATAGTAGGGTGGGGGCAAGATGGGACATTTGGTAGTAAACAAGAACATTAAGAGAATTATAAAACCTTATTCTCATGACTCCCATGGACCTTTGTTAATTGAAAACACAATTAGGATATTTAGAATCTTAGATATTAAGGGCTAAAGGTGTTCATCTTCCCCCACACTATTATTGTTATTTTTCACTATACCTTTTGAACAAAAATGTTGTCAGTGACAACTAACAAAAGTCCATGGTTACTTCTCCAGTTATCGCCATTTGTTTACCATTGTCCATAGTATTATTTTTAGTGGTTTGATTCACATGAAGAAGCGAANATGTTTATGCGGGTTGTTGCGGACTCGTTGGGATTAAAGTGGTTAAAATGTCGTTCAAACA 2 2 5' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 100 -41.2 .((((((.(((((((.(((((((.((((((..((((..(((((....(((.((((((...........)))))).))).(((...)))..)))))((((((......)))))).(((((((((....)))))))))....)))).)))))))))))))))))))).)))))) (-41.2)