mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTAGATGAGACAAGAGTGAGT TCACTCTTGTCTCATCCAACA GTTGTTATATAAAGGCTTGGTACTTGTAGCACTCACTCTTGTCTCATCCAACACTGAAGATGGTTAAAGTTGATTAACTGAAACTGCACCATCCTCAGTGCTAGATGAGACAAGAGTGAGTGTTATATAAAGACCAGCTTGGTACTTGTA CTGTTGGTATAAATATAACGGATTGAATAAATGTAATTTAAACAGTAGTTTTACTTTTATAGCTATGTTAGTCGAGAAACTCTTAAAATGTTTGTATAGTTGACAGTTGTTATATAAAGGCTTGGTACTTGTAGCACTCACTCTTGTCTCATCCAACACTGAAGATGGTTAAAGTTGATTAACTGAAACTGCACCATCCTCAGTGCTAGATGAGACAAGAGTGAGTGTTATATAAAGACCAGCTTGGTACTTGTAACACTCACACCCAGATTGATTAATACGAGTTTGAAATATATCTCCAGCTGGTGTGTGGTGTCACTTAAAAATCAAAACAGAATCATTTTATCAATATTATACACCCATTCTGTCAATTAAATATAATAAACTGCCAGCTGCCAGGTTACAAAGCAGAAATGGTCAGGATTTTGAATTATCGACATTAGCGCAAATATACATTTGAAGCAACAAAAATAATTCAGCACTGTAATACACTATGGGTTCATGCATAAATTAAATAAACCAATCTACTTTGAACAAAATTATCGACTGTAGCTAGAGTTTTATTAAGCTTTTGCCGAACTTAAGAAATACCAAATACACTCTTAACTATACTCCAACCTACAAGAACTTTAATATTTATAAAACA 3 0 3' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 cin-mir-4186 0.00003 -64 .......(((..(((((.(((...((((((((((((((((((((((((...((((((.((((((...((((..........))))..)))))).))))))...)))))))))))))))))))))))).....)))))))).)))...... (-64)