mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATGAGACAAGAGTGAGT TCACTCTTGTCTCATCTAACA TGGTACTAGCATTCACTCTTGTCTCATCTAACACTGAAGATGGTTAAAGTTGATTAACTGAAACTGCACCATCCTCAGTGTTAGATGAGACAAGAGTGAGTGTTTTTTTA CCGGGGGGGAGAAATATAACGGATTGAACAAATTAATTTAAACAGTAGTTTTACTTTTATAGTTATGCTAGTCGAGAAATTCTTAAAATGTTTGTATAGTTGGCAGTTGTTATATAAAGGCTTGGTACTAGCATTCACTCTTGTCTCATCTAACACTGAAGATGGTTAAAGTTGATTAACTGAAACTGCACCATCCTCAGTGTTAGATGAGACAAGAGTGAGTGTTTTTTTAAGACCAGCTTGGTACTTGTAACACTCCCACCCAGATTGATTATTAAGAGTTTAAAATATTTCCCCAGCTGGGGTTACTTAAAATGGAAAACAGAATAATTTTATCAATATTATACACTAATTCCTTCAATTAAATTATATAAACTGCCAGGTTACAAAGCAGAAATGGTCAGGATTTTAAATTATCGACATTAGCGCAAATATACATTTGAAGCAACAAAAATAATTTAGCACTGAAATACGTATGCTATGGGTGATTTCATGCATAAATTAAATAAACCAATATACTTTGAATAAAATCGACTGTAGCTACAGTTTTATT 0 0 3' arm Ciona_intestinalis mirnest 100 100 -57.8 ........(((((((((((((((((((((((((((((.((((((...((((..........))))..)))))).)))))))))))))))))))))))))))))....... (-57.8)